La scomparsa di Maria Luigia ed il conseguente ripristino dell'autorità borbonica coincidono con gli avvenimenti del 1848.
Carlo Lodovico sale al potere con il nome di Carlo II ma, forse preoccupato dalla situazione, abdica dopo due mesi a favore del figlio Carlo III.

Il giovane duca cerca di affrancarsi dalla tutela austriaca e di conferire al paese una solida struttura: a tal fine rafforza l'esercito facendolo passare da 2000 a 8000 uomini.
Lo sforzo per raggiungere finalità così ambiziose è però sproporzionato alle risorse dello stato che, amministrato maldestramente, giunge sull'orlo della rovina economica. Il malcontento sempre più diffuso culmina con l'uccisione nel 1854 di Carlo III.
Gli succede il figlio minore Roberto I al quale si affianca la madre Luisa Maria, donna conservatrice e di limitate vedute politiche che si rifugia sotto la protezione austriaca.

Per colmare in parte il disavanzo finanziario la reggente riduce drasticamente le spese militari portando l'esercito a 3500 uomini. La crisi determinata dalla seconda guerra d'indipendenza italiana fa sì che nel 1859 l'intera corte decida di rifugiarsi in Austria.
Le truppe, nonostante il voto di adesione della popolazione al Regno di Sardegna, rimangono fedeli al duca e preferiscono lasciare la patria piuttosto che tradire accettando il nuovo ordine.
Il 12 giugno a Mantova l'esercito, prima di sciogliersi, presenta per l'ultima volta le armi alla bandiera servita con lealtà ed amore fino all'ultimo.