Nel 1846 Francesco V succede al padre e dimostrando di non possedere sufficiente forza per fronteggiare i prodromi di quella che sarà la grande crisi liberale, esilia e lascia il ducato in mano ad un governo provvisorio che si schiera con le forze anti austriache.

In seguito a questo avvenimento l'esercito si scioglie e viene creato un nuovo organismo alquanto inefficiente che subisce la disfatta durante la campagna del 1848.
La Restaurazione dell'autorità ducale e la conseguente legge del 1849 della coscrizione obbligatoria, permette finalmente di rifondare un esercito affidabile, che si avvale, oltre che di personale volontario, anche di quadri intermedi e di preparati ufficiali che contribuiscono a creare un encomiabile spirito di gruppo. Tuttavia gli effetti della crisi liberale che sconvolse tutta l'Europa, si fecero sentire tra le popolazioni oltre gli Appennini che non esitarono, spinti dal ricordo dell'esperienza liberale, a compiere azioni di guerriglia contro la centralità del ducato.

La conseguenza fu che dal 1857 le provincie di Massa e Carrara furono dichiarate in stato di assedio sotto il controllo militare.
Fino a quando il duca non decise, nel 1859, di lasciare e di rifugiarsi in territorio controllato dagli austriaci a Mantova, le truppe ducali di Modena operarono con esemplare disciplina ed attaccamento a Francesco V.
Dopo tale decisione i territori del duca passarono per voto plebiscitario a far parte del nascituro Regno d'Italia, segnando di fatto la fine del Ducato di Modena ma non ancora del suo esercito che, dopo aver seguito fedelmente Francesco V a Mantova, per decisione congiunta di quest'ultimo e dell'imperatore d'Austria, va ad integrare con il nome di Brigata Estense il X Corpo d'Armata Imperiale.
Nel 1863 l'imperatore d'Austria scioglie definitivamente la Brigata, atto che si consuma il 24 Settembre, durante l'ultima parata, nella quale vengono consegnate al duca le bandiere.